Trong khi anime Boruto vẫn còn trong tình trạng lấp lửng, khi Studio Pierrot đang thực hiện anime Bleach: Thousand-Year Blood War, thì manga Boruto: Two Blue Vortex vẫn tiếp tục theo chân con trai của Hokage Đệ Thất.
Sau timeskip, mọi thứ bị đảo lộn, Boruto đột nhiên mang tội sát hại Naruto và Hinata và trở thành ninja đào tẩu. Tất cả những điều này là do Eida đã sử dụng Senrigan để thay đổi thực tại, tẩy não thế giới. May mắn thay, Boruto vẫn có một đồng minh hỗ trợ mình là Kashin Koji - bản sao của Jiraiya.
Khi Two Blue Vortex bắt đầu, Boruto cho thấy bản thân cậu đã thay đổi rất nhiều. Sau đợt huấn luyện với Kashin Koji trong thời gian bỏ qua, Boruto đã học được một số chiêu thức mới, khiến cậu trở thành một thế lực đáng gờm, không chỉ khi đối mặt với Code mà còn với cả những đồng đội cũ của mình.
Trong một đoạn hồi tưởng giữa Kashin Koji và Boruto ở chương mới nhất, đã giải thích cách mà Boruto thành thạo kỹ thuật Phi Lôi Thần Thuật (Flying Raijin Jutsu).
Kashin Koji đã giải thích về kỹ thuật mới của con trai Naruto. Hóa ra, Boruto vô tình tạo ra Phi Lôi Thần Thuật của riêng mình khi cố gắng làm cho thuật không-thời gian (Space-Time Ninjutsu) có thể tái tạo. Điều thú vị là Boruto không biết rằng cậu đã vô tình đặt trùng tên với kỹ thuật mà ông nội Namikaze Minato từng sáng tạo.
Khi sử dụng nhẫn thuật này, Boruto có thể ngay lập tức dịch chuyển bản thân hoặc những người khác đến bất cứ nơi nào.
Bằng cách đánh dấu các vật thể kim loại bằng chakra của mình để có thể cảm nhận chúng, Boruto đã phát triển nó thành một ninjutsu cho phép di chuyển tự do và ngay lập tức đến bất cứ nơi nào mình muốn.
Giải thích về Flying Raijin Jutsu
Giống như cách Code dùng khả năng dịch chuyển độc nhất vô nhị của hắn, bằng cách để lại dấu vết trên một hoặc nhiều đồ vật nhất định và sau đó có thể dịch chuyển tức thời đến những vết đánh dấu này, Boruto giờ đây có thể dịch chuyển đến chỗ các vật thể bằng kim loại mà cậu đã đánh dấu bằng chakra của mình.
Theo Kashin Koji, mặc dù Boruto có thể di chuyển chính xác trong các khoảng cách ngắn, nhưng việc dịch chuyển tới các địa điểm xa lại rất khó khăn do tính chất của trang bị ninja. Để khắc phục, Boruto quyết định sử dụng các loại trang bị ninja khác nhau để hỗ trợ việc dịch chuyển.
Ngoài việc đào sâu hơn vào kỹ thuật mới của Boruto, chương mới nhất thiết lập một số khía cạnh chính cho tương lai của bộ truyện shonen. Hokage hiện tại - Shikimaru đã có một cuộc thảo luận bí mật với một trong những con cóc của Koji và nhận được một số yêu cầu cần thiết.
Kashin Koji yêu cầu thủ lĩnh Konoha cử Đội 7, bao gồm Konohamaru, Sarada và Mitsuki đến làng Cát, vì hai Thần Thụ là Matsuri và Ryu, sẽ tấn công nơi này. Rõ ràng, Two Blue Vortex đang gieo mầm cho một cuộc đối đầu lớn trong tương lai gần.