Khi đến Masyaf, Altair được một thành viên trong hội sát thủ đón tiếp, đó là Rauf, anh ta nói bên trong là Al Mualim - The Mentor ở Syria, tức người đứng đầu của hội sát thủ đang đợi để nghe về kết quả nhiệm vụ. Altair lập tức trở về gặp Al Mualim và báo cáo rằng nhiệm vụ đã thất bại. Al Mualim tức giận quở trách Altair, khi hỏi về Malik và Kadar Al-Sayf, Altair nói họ đã chết. Đúng lúc này, Malik xuất hiện với cánh tay bị thương chảy đầy máu, anh lên tiếng nói rằng vẫn còn sống sót, nhưng chỉ một mình anh. Malik đã mang được cổ vật về và dâng nó lên cho Mentor, đồng thời bắt Altair phải chịu trách nhiệm về  cái chết của Kadar là em trai của Malik. Ngay sau đó, họ được thông báo rằng thành Masyaf đã bị Templar bao vây do Robert de Sablé cầm đầu, nhằm đòi lại cổ vật mà phe Assassin đã lấy.

Tạm gác lại vụ việc, Altair và một số Assassins khác khẩn trương bảo vệ ngôi làng khỏi cuộc tấn công của quân Templar. Ông gặp Rauf một lần nữa ở cổng của pháo đài, Rauf giải thích rằng có rất nhiều người dân thường đang mắc kẹt trong làng, và Altair hãy đánh lạc hướng kẻ thù trong khi Rauf và một số người khác đưa dân làng chạy vào trong pháo đài một cách an toàn. Ông hoàn thành công việc, nhưng quân Templar vẫn đang bao vây thành trì của Assassin.

Ông quyết định không trực tiếp đối đầu với đạo quân đông đảo của Templar, Altair cùng Rauf và một Assassin khác lẻn ra phía sau lực lượng Templar, đồng thời kích hoạt một bẫy gỗ khiến chúng đổ xuống quân Templar khiến chúng bị tổn thất nặng nề và buộc phải rút lui ngay sau đó.

Sau khi ngăn chặn được cuộc tấn công, Altair tiếp tục bị lôi ra xử phạt vì thất bại trong nhiệm vụ trước đó của mình khiến quân Templar giết chết 1 trong 2 sát thủ quan trong và làm người còn lại bị thương nặng, đồng thời cũng đã phá vỡ nguyên tắc ba không của Hội an hem sát thủ:  giết người dân vô tội, đối đầu trực tiếp với kẻ thù và  gây nguy hiểm cho đồng đội. Altair bị buộc tội là một kẻ phản bội phe Assassins (Traitor). Sau khi tuyên bố phán quyết, Al Mualim dùng một con dao găm đâm vào bụng Altair.

Nhưng cuối cùng, Altair không chết do Al Mualim nương tay  khi đâm ông bằng con dao găm và vết thương tương đối nông nên Altair gần như không hề hấn gì. Xuất phát cũng bởi lý do, lực lượng Assassin không có nhiều sát thủ giỏi như Altair và bản thân The Mentor không muốn mất thêm một người nữa. Tuy nhiên, Altair bị giáng chức từ Master Assassin xuống thành sát thủ tập sự và bị tước bỏ mọi vũ khí. Để chuộc tội và khôi phục lại chức danh của mình, Altair buộc phải nhận nhiệm vụ ám sát 9 thành viên lãnh đạo cấp cao của Templar nhằm xóa xổ toàn bộ tổ chức này khỏi vùng Syria. Ông được trao trả lại Hidden Blade và thanh kiếm của mình với mục tiêu phải thực hiên nếu không sẽ buộc phải rời khỏi tổ chức Assassin.

Quyết định tiêu diệt 9 mục tiêu giá trị cao trong bộ máy lãnh đạo cấp cao của phe Templar để đổi lấy mạng sống của mình, Altair sẽ gặp phải rất nhiều khó khăn từ việc tìm cách vào thành đến đi tìm manh mối dẫn mình đến với mục tiêu. Sau mỗi một mục tiêu dường như quân Templar càng thêm cảnh giác khiến Altair luôn là mục tiêu tiêu diệt của bọn chúng.

Nothing is True

Sau khi ám sát hết cả chín người, anh nhận ra mục tiêu thứ chín thật ra chỉ là một cái bẫy. Altair chạm trán với Robert, trước mặt Richard I của Anh là thủ lĩnh của đoàn quân thập tự chinh. Altair nói với Richard rằng Robert đang dựng kế hoạch để phản bội và giết chết ông, dẫn đến một cuộc đối đầu tay đôi giữa Robert và Altar. Trước khi chết, Robert thú nhận với Altair rằng không chỉ có chín, mà đến mười Templars thông đồng với nhau để lấy Piece of Eden, và người thứ mười này không ai khác chính là thủ lĩnh của hội Anh Em Sát thủ, Al Mualim. Hắn ta muốn giữ Piece of Eden cho riêng mình nên đã cho Altair giết chết chín người còn lại.

Trở lại Masyaf, pháo đài của Hội sát thủ. Lúc này Al Mulim đã lấy đi lý trí của những người bên trong do sử dụng Piece of Eden. Altair làm chủ được những cám dỗ từ Piece of Eden và đánh bại Al Mulim trong cuộc đấu tay đôi. Vì thấy Desmond hiện đã không cần thiết, họ cho người đến giết anh. Lucy Stillman, một nhân viên của Abstergo người đã tiết lộ với Desmond rằng cô ta là một sát thủ bí mật, đã thuyết phục họ không giết anh. Desmond ở một mình trong phòng Animus và sử dụng kĩ năng Eagle Vision mà anh có được nhờ Hiệu ứng chảy máu gây ra bởi Animus, anh thấy rất nhiều ký tự lạ được vẽ bằng máu ở trên tường và trên sàn ngay trong phòng nghiên cứu. Có thể những ký tự này có liên quan đến ngày tận thế đựợc viết bằng rất nhiều thứ tiếng khác nhau.

Đây cũng là kết thúc của Assassin’s Creed 1 và cũng là một cái kết mở để nối tiếp sang Assassin’s Creed 2. Nơi mà kí ức của 1 Mentor thực thụ được tái hiện. Đó là Ezio Auditore da Firenze.

(Còn tiếp)