1. Moemon

Một trong những Pokemon fan-made nổi tiếng nhất được biết tới là Moemon. Trên nền của phiên bản Fire Red, các Pokemon được thay thế bằng các cô gái xinh đẹp trong trang phục Pokemon. 

Ngay từ lúc ra đời vào năm 2009, phiên bản này đã thu hút được sự chú ý của rất nhiều fan, đặc biệt là các otaku. Bản game này nổi tiếng đến mức đã từng được giới thiệu trên trang Kotaku và nhận được rất nhiều hiệu ứng cộng đồng tích cực. Thậm chí, tác giả của nó là Moetai còn định cho ra mắt phiên bản Emerald, tuy nhiên khá đáng tiếc là điều này không xảy ra.

2. Pokemon Naranja

Naranja là một trong những phiên bản game đầu tiên dựa trên bộ phim hoạt hình gốc về Pokemon. Naranja trong tiếng Tây Ban Nha có nghĩa là orange, điều đó có nghĩa là phiên bản này nói về chuyến đi của Ash tới quần đảo Orange.

Naranja là phiên bản mod được làm lại dựa trên Pokemon Ruby, do đó người chơi có thể lựa chọn 1 trong 2 nhân vật là Ash Ketchum hoặc Misty. Không như các tựa game chính, nhân vật chính của Naranja trò chuyện khá nhiệt tình với NPC. Những chi tiết quan trọng như trái GS Ball, Tracy và cả giáo sư Ivy cũng đã được đưa đầy đủ vào trong game. Ngoài ra, người chơi còn có thể tới đảo Isle of Pink để bắt các Pokemon màu hồng và cả Crystal Onix.

3. Ruby Destiny

Ruby Destiny là bản hack khá nổi tiếng, được làm bởi Youtuber có tên Destinedjagold (DJG). Bản hack này dựa trên Pokemon Ruby và bao gồm 3 phần khác nhau. Mỗi phần đều có cốt truyện riêng, hết sức thú vị và thậm chí còn bao gồm các Pokemon huyền thoại của thế hệ thứ 4, hệ Fairy và cả một hệ mới có tên Chaos. 

Phần đầu tiên là Reign of Legends, có cốt truyện khá đặc sắc liên quan tới chủ đề xuyên không và nhân vật chính sẽ phải đối đầu với một thế lực có ý định phá vỡ sự cân bằng của thế giới. Phần 2 là Rescue Rangers, có cốt truyện khá giống những tựa game Pokémon Mystery Dungeon. Phần cuối của series này là Life of Guardians lại được đặt trong một chiều thế giới khác. DJG còn có cả kế hoạch làm cả phần 4 cho series này, nhưng cuối cùng anh đã quyết định từ bỏ một cách vô cùng đáng tiếc.

4. Pokemon NES

Pokemon NES thực chất không phải thứ gì mới lạ, mà chính là Pokemon Yellow có thể chơi được trên được trên hệ máy NES và được chuyển sang thành tiếng Trung Quốc. 

Lối chơi và cốt truyện không có thay đổi gì lớn lắm, ngoại trừ việc các hacker đã thêm vào một menu Pikachu khá bắt mắt cùng một vài Pokemon huyền thoại ngoài phần 1. Tuy nhiên, việc nó chỉ có bản tiếng Trung lại là thứ khiến cho những người chơi không hứng thú với nó lắm, cho tới khi có một vài fan ruột của Pokemon đã dịch thuật lại phiên bản này.

5. Shiny Gold

Shiny Gold là phiên bản fan-made được làm ra cho Nintendo DS trước khi Pokemon Heart Gold chính thức được ra đời. Tựa game này được thực hiện như một phiên bản remake của Pokemon Gold ngày nào, nhưng được thêm thắt vào rất nhiều thứ như Pokemon thế hệ 3, Trick House và độ khó cao hơn so với phiên bản cũ. 

Mặc dù chỉ dừng ở bản Beta 5 và 99% hoàn thiện, thế nhưng Shiny Gold vẫn được coi là phiên bản tốt nhất trước khi Heart Gold ra đời. Rất nhiều fan hâm mộ của Pokemon đánh giá cao phiên bản này và thậm chí, đã có những kẻ lợi dụng bán băng sao chép của Shiny Gold ra để kiếm chác bất hợp pháp.

6. Fusion Generation

Fusion Generation là một phiên bản khá thú vị, khi nó được cải biên theo kiểu "hô biến" 2 Pokemon vào làm 1. Tuy nhiên, điều làm nên sự nổi bật của bản hack này chính là cốt truyện khá tăm tối của nó. 

Thay vì chống lại những kẻ xấu, người chơi sẽ rẽ sang một nhánh khác về Bill, nhà khoa học và cũng là người chế tạo ra hệ thống kết hợp 2 Pokemon vào làm 1. Trong trò chơi, người chơi sẽ được tới 1 căn phòng đặc biệt, khi các phiên bản ghép lỗi bị nhốt trong lồng. Bill yêu cầu nhân vật chính không bao giờ được nói về những thí nghiệm hỏng này, và điều tệ hại nhất là chúng cũng xin nhân vật chính giết chúng đi thay về để chúng sống như một cơn ác mộng.