Mặc dù có rất nhiều các trò chơi nhỏ, thế nhưng khi nhắc tới series Yu-Gi-Oh!, đa phần các fan hâm mộ đều sẽ liên tưởng ngay tới những trận đấu bài ma thuật đáng nhớ. Và cho tới nay, khi mà các trò chơi Yu-Gi-Oh! cũng đang trở nên rất thịnh hành, vẫn có khá nhiều người cảm thấy "mù mờ" khi xét tới các quy tắc trong bộ truyện. Thế nhưng cũng vì thế mà đã xuất hiện không ít trận đấu hấp dẫn, mà cho tới nay vẫn in đậm dấu ấn trong tâm trí các game thủ, nhất là fan của Yugi Muto.

Yugi Muto vs Atem

Gần như tất cả các quái vật trong bộ bài ma thuật đều được xây dựng để phục vụ cho trận chiến cuối cùng kinh thiên động địa này. Trận đấu giữa Yugi và Atem - hai phiên bản của cùng một người. Nếu Yugi thắng, điều đó có nghĩa là Atem cuối cùng có thể siêu thoát và ngược lại, linh hồn vị Pharaoh này sẽ tiếp tục mắc kẹt như đã từng trong suốt 5.000 năm qua. Trận đấu này xứng đáng là hồi kết đẹp trong bộ truyện khi cả hai cùng dùng hết sức mạnh của bản thân.

Atem triệu hồi tất cả các God Cards trong hai lượt; Yugi phá hủy chúng trong một lượt. Cả hai đấu qua lại, sử dụng hết mọi chiến lược của mình cho đến khi tìm ra người chiến thắng. Đây là một trận đấu tuyệt vời, đầy những hồi tưởng của bộ truyện từ trước tới nay.

Yugi và Joey vs Anh em Mê Cung

Trên đảo đấu bài của Pegasus, đa phần các trận đấu đều không có chất lượng chuyên môn quá cao và thậm chí còn xuất hiện không ít tình huống vô lý, khó giải thích theo bất cứ quy tắc, luật lệ nào. Chỉ trừ trận đấu quá hấp dẫn giữa Yugi và Joey vs Anh em Mê Cung - một trận đấu bài đôi đầu tiên trong bộ truyện.

Trận đấu này không hợp lý theo góc nhìn luật chơi, nhưng nó sáng tạo và gây thú vị cho bất cứ ai từng đọc bộ truyện. Ngoài ra, những biến ảo của mê cung này cũng mang tới vô số những điều thú vị.

Yugi vs Joey tại Battle City

Marik có lẽ là đối thủ gian xảo nhất mà Yugi từng phải đối đầu. Cũng hắn là kẻ đạo diễn ra trận đấu giữa Yugi và người bạn thân nhất, Joey - nơi mà một trong hai sẽ phải đối diện với thử thách sinh tử nếu như thua cuộc khi kẻ thua sẽ bị một chiếc mỏ neo kéo xuống đáy đại dương.

Bản lĩnh của Yugi đã được thể hiện rõ rệt trong trận đấu. Tất nhiên sau cùng, mọi thứ vẫn kết thúc tương đối happy ending khi không có ai bị tổn hại.