Là một Webgame nhập vai chiến thuật, Mộc Đế Tam Quốc sở hữu lối chơi khá khác biệt khi trận đấu trong trò chơi này diễn ra theo lối đánh dàn trận, đánh theo lượt.

Người chơi sẽ có thể trực tiếp điều khiển các nhân vật của mình trong trận đấu, các nhân vật sẽ di chuyển theo ô và tung ra các đòn đánh theo chỉ thị của người chơi, tuy nhiên, người chơi có thể trực tiếp chọn nhân vật mình có thể tung ra skill nào khi tấn công chứ không như trong tựa game Fire Emblem. Ngoài ra, game cũng cung cấp hệ thống Auto tự đánh để giúp người chơi hoàn thành nhanh các trận đấu không quan trọng.

Tham gia vào Mộc Đế Tam Quốc, người chơi sẽ được lựa chọn nhân vật tùy theo 1 trong 7 class nhân vật đồng thời lựa chọn gia nhập vào 1 trong 3 thế lực là Ngụy, Thục, Ngô. Song song với việc rèn luyện nhân vật, game thủ cũng có thể chiêu mộ thêm các chiến tướng mới vào trong đội hình của mình. Các chiến tướng sẽ có những skill, ưu, nhược riêng, cũng như khả năng đặc biệt như hồi máu, tấn công ma thuật, đánh xa, đánh gần...

Điều đáng chú ý hơn là cách xây dựng nhân vật trong Mộc Đế Tam Quốc cũng có khá giống như với tựa game offline Fire Emblem, khi nhân vật sở hữu những chỉ số về tấn công vật lý, tấn công phép thuật, tốc độ (giúp nhân vật được ưu tiên đi trước và tăng độ chính xác), điểm skill (giúp nhân vật được hưởng crit...).

Dẫu vậy, trong Mộc Đế Tam Quốc lại không sở hữu các hệ vũ khí khắc chế như trong Fire Emblem như Kiếm khắc Rìu, Rìu khắc Thương, Thương khắc Kiếm. Dưới đây là một số hình ảnh trong Mộc Đế Tam Quốc: