Giống như nhiều tựa game hành động khác, cách điều khiển nhân vật trong Phantasy Star Online 2 chủ yếu dựa trên bàn phím, người chơi sẽ sử dụng các phím WASD để di chuyển và lướt nhanh, Space để nhảy trong khi các phím chuột dùng để tung các đòn đánh (chuột trái cho đòn đánh cơ bản trong khi chuột phải dùng để tung ra các skill đặc biệt). Cơ chế combat của Phantasy Star Online 2 hoàn toàn là non-target.

Lối đánh hành động, hoàn toàn non-target.

Trong Phantasy Star Online 2, mỗi nhân vật đều có thể cùng lúc trang bị tối đa 3 loại vũ khí khác nhau và người chơi có thể thay đổi nhanh ngay trong trận đánh bằng phím tắt (Shift). Tất nhiên, lúc này các đòn đánh được tung ra cũng sẽ thay đổi. Địa hình đóng một yếu tố nhất định trong combat, người chơi có thể lợi dụng các đặc điểm về địa hình để tránh đòn, nhảy cao hơn...

Hệ thống nhiệu vụ dành cho người chơi chủ yếu được nhận tại căn cứ. Không giống như nhiều tựa game online khác thường hay cho game thủ khám phá thêm các nhiệm vụ phụ, trong Phantasy Star Online 2, người chơi sẽ chủ yếu nhận nhiệm vụ tại căn cứ rồi tự di chuyển đến các phụ bản để tiêu diệt quái vật.

Các nhiệm vụ trong Phantasy Star Online 2 đa phần là hạ gục quái vật to lớn trong phụ bản. Người chơi có thể lựa chọn các thử thách theo 2 cách đánh tổ đội hay solo. Điều đặc biệt là trong Phantasy Star Online 2, bạn có thể mời cả những người chơi đang offline tham gia vào tổ đội của mình, các nhân vật này sẽ cùng chiến đấu với bạn, tuy nhiên sẽ chỉ theo AI tự động. Dẫu vậy thì lượng điểm kinh nghiệm người chơi nhận được khi đi tổ đội sẽ ít hơn.

Nhiệm vụ trong Phantasy Star Online 2 chủ yếu là đánh quái vật trong map phụ bản.

Để mở thêm các nhiệm vụ mới, người chơi sẽ phải hoàn thành các nhiệm vụ trước đó. Khi đang thực hiện nhiệm vụ, nhiệm vụ đó sẽ tự động trở thành một phòng (room) mà tất cả các game thủ khác trong cùng server có thể gia nhập để chiến đấu cùng, tất nhiên, bạn vẫn có thể tùy chỉnh riêng tư (solo) hay chỉ cho phép bạn bè tham gia cùng.