Theo Ubisoft xác nhận, Assassin's Creed Shadows sẽ có 2 nhân vật chính có thể chơi được. Bên cạnh Samurai Yasuke, bạn cũng có thể chơi theo phong cách sát thủ với 1 Ninja thực thụ đó là Naoe.

Naoe là một nhân vật hư cấu, là con gái của lãnh chúa Fujibayashi Nagato. Lối chơi của Naoe và Yasuke sẽ khá khác nhau. Trong khi Yasuke là một chiến binh Samurai dũng cảm thì Naoe lại là một ninja ẩn mình trong bóng tối. Với những người yêu thích phong cách hành động lén lút truyền thống của Assassin's Creed, Naoe sẽ là nhân vật vô cùng thú vị.

Trước đây, khả năng tàng hình của Assassin's Creed chủ yếu xoay quanh việc người chơi trốn trong những đồ vật có thể ngụy trang hoặc che giấu bản thân, ví dụ như bụi rậm, đống cỏ khô, xe đẩy, đám đông dày đặc, vườn trên sân thượng, giếng... Tuy nhiên, Assassin's Creed Shadows sẽ giới thiệu một hệ thống chiếu hành động lén lút mới, dựa vào quy luật của ánh sáng. Khi ở trong bóng tối, nhân vật của bạn sẽ được che giấu khỏi tầm nhìn của kẻ thù.

Một đồng hồ đo ánh sáng sẽ được thêm vào giao diện người dùng của Assassin's Creed Shadows để thông báo cho người chơi biết họ đang ở trong ánh sáng hay bóng tối. Có vẻ như nó sẽ hoạt động tương tự như hệ thống phát hiện truyền thống của Assassin's Creed.

Để đảm bảo một khu vực đủ tối để ẩn nấp, người chơi sẽ có thể loại bỏ những người cầm đuốc hoặc phá hủy những chiếc đèn lồng do Người hầu mang theo. Người hầu không thể chiến đấu, nhưng nếu tình cờ phát hiện được người chơi, họ sẽ báo động và gọi quân tiếp viện.

Assassin's Creed Shadows cũng giúp người chơi có thể thực hiện nhiều kiểu chơi theo chủ nghĩa hòa bình hơn nếu họ muốn, bằng cách cho phép thực hiện các cuộc hạ gục không gây chết người lên kẻ thù.