Lực lượng ninja trong một làng thường được phân thành 3 nhóm lớn: Lực lượng thường trực, lực lượng đặc biệt và quân y.

1. Lực lượng thường trực (Seiki Butai)

Lực lượng thường trực ở Konoha

Là nền móng của làng và của hệ thống ninja. Phần lớn ninja trong một làng thuộc lực lượng này, và họ thực hiện phần lớn những nhiệm vụ, yêu cầu mà làng nhận được. Ngoài ra họ còn có vai trò trong tổ chức như giám sát và huấn luyện thế hệ ninja sau này. Bao gồm có :

- Học viên: Là lực lượng học viên thuộc Học viện ninja. Học viện là nơi đào tạo ninja, để chuẩn bị cho học viên trở thành ninja sau này. Học viên không phải là một thành phần chính thức của lực lượng ninja, tuy nhiên họ có thể được huy động chiến đấu trong hoàn cảnh đặc biệt khẩn cấp như chiến tranh.

- Genin: Là cấp thấp nhất của tổ chức ninja, dành cho học viên tốt nghiệp học viện ninja và bắt đầu khởi nghiệp nhẫn giả. Genin thường được giao thực hiện các nhiệm vụ hạng D - là các nhiệm vụ đơn giản, hay các nhiệm vụ hạng C - thường là các nhiệm vụ có tính rủi ro thấp và yêu cầu các kĩ năng ban đầu của một ninja.

- Chuunin: Ninja hạng trung, là những ninja đạt tiêu chuẩn, có kĩ năng lãnh đạo, làm việc theo nhóm, có những kĩ năng đặc biệt hay đầu óc chiến thuật và thường được đánh giá năng lực qua kì thi Chuunin. Chuunin thường được giao các nhiệm vụ hạng C đến B. Một số có thể là giảng viên trong học viện ninja như Iruka, hay lãnh đạo nhóm như Shikamaru (sau kì thi Chuunin).

Naruto và những người bạn trong kỳ thi tuyển Chuunin

- Tokubetsu Jonin: Ninja đặc biệt. Tokubetsu Jonin là một thứ hạng giữa Chuunin và Jonin, dùng để chỉ những ninja chưa qua đào tạo chuyên nghiệp như Jonin, nhưng có năng lực ở hạng Jonin trong một lĩnh vực nào đó (ví dụ như Ebisu). Họ chỉ chuyên biệt về lĩnh vực của mình và được coi như Jonin khi thực hiện nhiệm vụ hay chiến đấu. Chức vụ ngang với chuẩn úy quân đội.

- Jonin: Ninja hạng cao. Thường là những ninja chuyên nghiệp, có nhiều kinh nghiệm chiến đấu hay kĩ năng đặc biệt. Chức vụ ngang với đại úy quân đội. Họ thường được giao cho những nhiệm vụ cấp A, và đôi khi là nhiệm vụ cấp S với Jonin có kinh nghiệm. Thường hoạt động một mình hoặc theo nhóm. Jonin thường có thể sử dụng ít nhất 2 loại chakra, hay có kĩ năng đặc biệt cao cấp.

- Các dạng chức vụ đặc biệt: Bên cạnh các cấp Genin, Chuunin, Jonin... còn có các chức vụ đặc biệt khác. Điển hình là Làng Mây (Kumogakure) có một chức vụ giữa Jonin và Raikage, có thể đứng ra thay mặt Raikage. Làng Lá (Konohagakure) có cấp tổng chỉ huy, đại diện cho hội đồng lãnh đạo ninja, ví dụ như cha của Nara Shikaku - cha của Shikamaru.

- Team (đội): Đơn vị cơ bản của lực lượng ninja. Một nhóm thường có 4 thành viên thường là 3 Genin và một Jonin chỉ huy. Việc lập nhóm giúp hình thành kinh nghiệm chiến đấu, tinh thần đồng đội cũng như nâng cao tính hiệu quả trong thực hiện nhiệm vụ và chiến đấu. Ngoài ra còn có những đội, nhóm, đơn vị đặc biệt được thành lập cho những nhiệm vụ đặc biệt.

Team 7 của Konoha

2. Lực lượng đặc biệt (Anbu)

Vết xăm của thành viên Anbu

Anbu (Ám bộ) là viết tắt của Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai, là lực lượng ninja đặc biệt, nhận lệnh trực tiếp từ Kage, chuyên thực hiện các nhiệm vụ đặc biệt, như trinh sát, ám sát, đột nhập, moi thông tin.....

Mọi thành viên trong lực lượng Anbu được đích thân Kage lựa chọn kĩ lưỡng, dựa trên thành tích, kinh nghiệm, kĩ năng cá nhân và kĩ năng đặc biệt. Các thành viên của Anbu đeo các mặt nạ hình thú vật bằng sứ để phân biệt họ với các shinobi bình thường và cũng để che giấu thân phận của họ. Họ cũng có một bộ đồng phục chuẩn bao gồm bộ giáp màu xám và đen, găng tay kim loại và một hình xăm xoắn ốc trên vai trái (thành viên Anbu nữ có hình xăm trên vai phải để xác định giới tính giữa các thành viên trong Anbu).

Một số thành viên khoác một chiếc áo choàng đen bên ngoài đồng phục và trưởng nhóm có thể khoác áo choàng màu trắng. Mọi thành viên Anbu đều có một thanh kiếm được giắt sau lưng họ, có thể là Katana hoặc đa phần là Tantou (Đoản đao).

Lực lượng Anbu trong Naruto

Trong tổ chức Anbu, có nhiều nhóm được thành lập, cho một mục đích nhất định. Điển hình là Làng Lá (Konohagakure) có biệt đội Anbu thẩm vấn và điều tra, chuyên biệt về lĩnh vực thẩm vấn và tra tấn, thu thập thông tin tình báo. Ngoài ra còn có Tổng bộ (the Root) nhận lệnh trực tiếp từ Hokage đệ lục "hụt" - Danzo, chuyên thực hiện các nhiệm vụ cực kì bí mật.

Các thành viên của Root được huấn luyện để từ bỏ mọi hình thức của cảm xúc để tuân theo mọi mệnh lệnh của Danzo mà không cần thắc mắc. Các thành viên của Root cũng có một phong ấn trên lưỡi của họ để ngăn chặn họ nói ra các thông tin về Danzo hay Root. Phong ấn này đảm bảo nếu họ rời bỏ tổ chức hay bị bắt thì các thông tin về Root sẽ không bị tiết lộ.

Trong suốt cuộc tấn công của Pain vào Konoha, Danzo đã ra lệnh cho Root không được trợ giúp làng trong việc phòng thủ.

Ngoài ra, còn có các Oinin - lực lượng ninja đặc biệt trong Ám Bộ của Làng Sương Mù. Họ thực hiện một nhiệm vụ duy nhất: Tìm và diệt những Nukenin của làng Sương Mù. Oinin được đào tạo đặc biệt về y học, giải phẫu cơ thể con người. Do kiến thức sâu rộng về cơ thể người, họ có thể dễ dàng giết chết mục tiêu. Điển hình là trường hợp Haku, giả dạng một Oinin, dễ dàng giết chết Momochi Zabuza, thực ra là đưa vào trạng thái "chết giả", sau đó cứu sống bằng cách giải huyêt đạo trên cổ.

Đội Oinin

Khi Oinin hạ mục tiêu, họ thường hủy xác nạn nhân hoàn toàn và ngay tại chỗ bằng những phương pháp khác nhau như hỏa táng hay triệu hồi quạ để ăn thịt xác, chỉ giữ lại đầu nạn nhân làm bằng chứng. Điều này đảm bảo những điều liên quan đến ninja đó như chakra, jutsu, huyết kế giới hạn... được giữ bí mật tuyệt đối, không để quốc gia đối địch biết được.

3. Quân y (Iryo Han)

Đội quân y của Konoha

Quân y là lực lượng hậu cần của lực lượng ninja, giống với quân y trong quân đội thực tế. Họ làm các công việc như cứu thương, hồi sức, nghiên cứu các kĩ năng, dược phẩm, bệnh tật… Các thành viên của đội đều là các Y Nhẫn giả (Iryo Nin), là những ninja chuyên về cứu thương và sử dụng y thuật để trị thương.

Iryo Nin yêu cầu phải có trí thông minh và khả năng kiểm soát chakra xuất sắc. Trong mỗi tổ đội ninja 4 người, thường có 1 thành viên chuyên về y thuật để cứu thương trong quá trình chiến đấu, nâng cao tỷ lệ thành công của nhiệm vụ và khả năng sống sót của ninja trên chiến trường.

4. Bạt Nhẫn (Nukenin)

Akatsuki - đội Bạt Nhẫn hùng mạnh nhất

Bạt Nhẫn là những ninja phạm tội, sai phạm trong việc giết người, nghiên cứu cấm thuật, đào tẩu...bị truy nã trong sổ đen của quốc gia, hay cao hơn là bị truy nã trên phạm vi quốc tế. Làng Sương Mù có hẳn 1 lực lượng chuyên tìm và diệt những tội phạm này, chính là Oinin. Điển hình cho những ninja này là tổ chức Akatsuki, tập hợp những tội phạm ninja cấp S bị truy nã toàn thế giới.