Nhiệm vụ cấp S là cấp độ cao nhất trong hệ thống nhiệm vụ của các ninja trong Naruto. Tuy nhiên, không phải nhiệm vụ nào cũng được manga xác nhận rõ ràng về cấp độ. Một số nhiệm vụ được gọi trực tiếp là cấp S, trong khi những nhiệm vụ khác không có thông tin cụ thể dù mang ý nghĩa quân sự hoặc chính trị rất lớn.
3. Phá hủy cầu Kannabi – Nhiệm vụ làm thay đổi cục diện chiến tranh

Cảnh "cái chết" của Uchiha Obito trong Naruto. Ảnh: Studio Pierrot
Nhiệm vụ phá hủy cầu Kannabi là một chiến dịch quan trọng trong Đại chiến Ninja lần thứ ba. Đội của Namikaze Minato được giao nhiệm vụ tấn công tuyến tiếp tế của làng Đá bằng cách phá hủy cầu Kannabi, một vị trí chiến lược có vai trò quan trọng đối với bước tiến của đối phương.
Kakashi, Obito và Rin tham gia chiến dịch, trong đó Kakashi vừa được thăng cấp Jonin. Ban đầu, Minato phải thực hiện một nhiệm vụ khác nên Kakashi được giao quyền chỉ huy các đồng đội. Tuy nhiên, nhiệm vụ nhanh chóng trở nên mang tính cá nhân khi Rin bị các ninja đối phương bắt giữ.
Kakashi cho rằng phải ưu tiên hoàn thành nhiệm vụ, trong khi Obito từ chối bỏ mặc Rin. Bất đồng giữa hai người cuối cùng dẫn đến việc Obito quay lại cứu Rin và cứu Kakashi sau khi mắt của Kakashi bị thương. Sau đó, Obito bị những tảng đá lớn đè lên người. Nghĩ rằng mình sắp chết, cậu trao Sharingan của mình cho Kakashi.
Cuối cùng, họ vẫn hoàn thành mục tiêu lớn của chiến dịch bằng cách phá hủy cây cầu và cắt đứt tuyến tiếp tế của đối phương.
Trang Naruto chính thức mô tả đây là một cuộc tấn công nhằm vào tuyến tiếp tế của làng Đá và xác nhận đội đã hoàn thành nhiệm vụ, dù phải trả giá bằng sự hy sinh của Obito.
Manga không xác nhận cụ thể nhiệm vụ này thuộc cấp độ nào, vì vậy chưa thể khẳng định đây chắc chắn là nhiệm vụ cấp S. Tuy nhiên, với vai trò quan trọng trong chiến tranh cùng những hậu quả nghiêm trọng mà nó gây ra, nhiệm vụ phá hủy cầu Kannabi vẫn là một ứng viên sáng giá cho vị trí thứ ba.
2. Nhiệm vụ tuyệt mật cấp S – Bảo vệ hai Jinchuriki

Naruto và Killer B từ Naruto. Ảnh: Studio Pierrot
Nhiệm vụ tuyệt mật cấp S là một trong số ít nhiệm vụ trong Naruto được xác nhận rõ ràng thuộc cấp S. Khi Đại chiến Ninja lần thứ tư cận kề, Liên minh Nhẫn giả phải tìm cách che giấu tung tích của Naruto và Killer B, bởi nếu Akatsuki phát hiện ra vị trí của hai người, họ sẽ lập tức trở thành mục tiêu của tổ chức này.
Vì vậy, Aoba giao cho Naruto một nhiệm vụ cấp S nhằm giữ kín tung tích của hai Jinchuriki trước kẻ thù. Tuy nhiên, để Naruto không phát hiện ra mục đích thực sự, cậu được giao một nhiệm vụ hoàn toàn khác. Naruto nghĩ rằng mình được đưa tới hòn đảo để nghiên cứu các loài động vật tại đây, trong khi các ninja Làng Lá và Làng Mây âm thầm bảo vệ cậu cùng Killer B.
Tình huống tưởng như hài hước nhanh chóng trở nên nghiêm trọng khi Kabuto cùng Deidara được hồi sinh xuất hiện và tìm cách bắt giữ hai Jinchuriki.
Tầm quan trọng thực sự của nhiệm vụ lúc này trở nên rõ ràng. Naruto và Killer B chính là những mục tiêu giá trị nhất của đối phương. Nếu hai người bị bắt, Akatsuki sẽ có được quyền tiếp cận những nguồn sức mạnh Vĩ Thú còn lại, phục vụ cho kế hoạch lớn hơn của tổ chức.
1. Thảm sát gia tộc Uchiha – Bí mật làm thay đổi Làng Lá

Ảnh: Studio Pierrot
Thảm sát gia tộc Uchiha dễ dàng được xem là một trong những nhiệm vụ đen tối nhất từng được một ninja Làng Lá thực hiện.
Sau khi phát hiện gia tộc Uchiha đang chuẩn bị một cuộc đảo chính nhằm vào Làng Lá, Itachi rơi vào tình thế vô cùng khó khăn giữa lòng trung thành với ngôi làng và tình yêu dành cho gia đình. Danzo đưa ra cho Itachi một lựa chọn gần như không thể chấp nhận: để cuộc đảo chính xảy ra và khiến Làng Lá có nguy cơ rơi vào nội chiến, hoặc tiêu diệt gia tộc để bảo vệ em trai Sasuke.
Cuối cùng, Itachi lựa chọn phương án thứ hai. Anh hợp tác với Obito để thảm sát gần như toàn bộ gia tộc Uchiha. Sasuke được cố tình để sống sót, trong khi Itachi trở thành ninja đào tẩu và nhận toàn bộ trách nhiệm về thảm kịch.
Đây không đơn thuần là một nhiệm vụ ám sát. Nó bao gồm việc bí mật tiêu diệt cả một gia tộc ngay bên trong Làng Lá, che giấu sự thật với toàn bộ ngôi làng và ngăn chặn sự việc dẫn đến một cuộc xung đột lớn hơn.
Hồ sơ nhiệm vụ của Itachi ghi nhận anh từng thực hiện một nhiệm vụ cấp S, dù cốt truyện chính thức chưa bao giờ xác nhận nhiệm vụ đó chính là vụ diệt tộc Uchiha. Dù vậy, đây vẫn là ứng viên mạnh nhất cho nhiệm vụ cấp S nói trên bởi mức độ bí mật cực cao và hậu quả có thể ảnh hưởng đến toàn bộ ngôi làng.
Quy mô, tính chất bí mật và nguy cơ dẫn đến nội chiến khiến vụ thảm sát gia tộc Uchiha trở thành nhiệm vụ nguy hiểm nhất trong ba nhiệm vụ được đề cập.