Những tổ chức xuất hiện trong các tác phẩm anime đều có màu sắc riêng biệt, hoạt động theo một quy tắc chung và có mục đích riêng để chinh phục. Hầu hết họ đều có tạo hình độc đáo, sở hữu sức mạnh với những năng lực đặc biệt, mỗi nhân vật trong tổ chức đều có quá khứ và cuộc đời đầy biến động với những bí mật riêng. Khán giả dường như cảm nhận, thấu hiểu được quan niệm, triết lý đầy tính nhân sinh trong cách thức hoạt động và mục tiêu mà mỗi tổ chức muốn truyền tải.
Thất Vũ Hải (Shichibukai) là một tổ chức hùng mạnh và quyền lực; họ cùng với "Tứ Hoàng" và "Hải Quân" tạo nên ba thế lực mạnh nhất thế giới trong One Piece. Tổ chức này gồm những thuyền trưởng, hải tặc đầy danh tiếng, sở hữu sức mạnh khủng khiếp với năng lực Trái Ác Quỷ cùng khả năng biến hóa khôn lường khiến đối phương phải sợ hãi. Như Râu Đen khiến người khác bị hút ngược về phía hắn, Kuma có thể đánh đối thủ bay xa hay Hancook biến đối thủ trở thành đá.
Đa số Thất Vũ Hải đều từng là cựu binh hải tặc từ Tân Thế Giới, một số họ đã giao chiến với Tứ Hoàng. Do lòng kiêu hãnh nên mối quan hệ giữa các thành viên ít có sự tôn trọng và giúp đỡ lẫn nhau. Họ nằm trong pháp luật nên có thể kinh doanh kiếm tiền và săn tiền thưởng, vì thế nhóm bị gọi là "Những con chó của Chính phủ". Thất Vũ Hải tồn tại trong sự đề phòng của Hải quân và sự xem thường hay khiếp sợ của Hải Tặc.
Bước vào thế giới trinh thám của Conan, không một fan nào là không biết đến sự tồn tại, hiện diện của Tổ chức Áo Đen. Đây là một tổ chức tội phạm bí ẩn, xuất hiện với dạng phục trang đen tối, trừ ông trùm ra thì tất cả các thành viên trong tổ chức đều có bí danh là một loại rượu.
Kẻ nguy hiểm và nổi tiếng nhất trong băng đảng này là Gin, người đã cho Shinichi Kudo uống độc dược teo nhỏ. Đi bên cạnh hắn là Vodka, cánh tay phải đắc lực với thân hình to lớn. Sherry, người thường được biết đến với cái tên Haibara Ai, cũng là thành viên của tổ chức. Đây là 3 nhân vật "áo đen" được biết đến nhiều nhất trong bộ anime này.
Số thành viên lộ diện của tổ chức này sẽ còn tăng lên, với thân thế và hành động bí hiểm mà kẻ đứng đầu vẫn là một ẩn số. Với thế lực mạnh mẽ, hoạt động tinh vi và sở hữu những loại thuốc độc nguy hiểm như APTX4869, băng đảng này chính là nỗi khiếp sợ của chính phủ và cảnh sát, khiến Conan phải dè chừng và đau đầu truy đuổi theo hoạt động "xuất quỷ nhập thần" của chúng.
Espada trong tiếng Nhật nghĩa là Mười thanh đao. Đây là một tổ chức gồm các Arrancar (nghĩa là những Hollow đã phá bỏ được mặt nạ và có được sức mạnh như Shinigami) được chỉ huy bởi Sosuke Aizen với các thành viên là 9 nam và 1 nữ. Những kẻ trong Espada đều có năng lực và sức mạnh vượt trội, họ là lực lượng đối đầu với các chiến binh chính trong truyện. Tùy theo sức mạnh, mỗi thành viên sẽ được đánh dấu từ số 1 đến 10 để nhận diện cấp bậc và quyền lực, mỗi chữ số được xăm trên các bộ phận cơ thể của họ.
Thập đạo quân dưới sự dẫn dắt của Aizen là sự nguy hiểm, gieo rắc nỗi kinh hoàng đối với Gotei 13. Mỗi thành viên đều có nét cá tính riêng biệt, hiếu chiến và tạo nên một băng đảng chống phá thế giới linh hồn, viết nên biên niên sử hùng tráng về chiến tranh giữa các Shinigami. Espada xuất hiện và khiến tác phẩm Bleach hấp dẫn hơn với những trận chiến ác liệt, cuộc chiến thiện ác trở nên sinh động, ý nghĩa và giàu cảm xúc hơn.
Trong thế giới viễn tưởng, kinh dị đầy ám ảnh của Tokyo Ghoul thì Aogiri Tree là một tổ chức bí hiểm, lớn mạnh với những tên quái vật máu lạnh, luôn đối đầu với các Thanh tra thuộc CCG. Lãnh đạo của tổ chức quái dị này là Eto, một quỷ ăn thịt người bí ẩn có ngoại hình giống như đứa trẻ, nổi tiếng với biệt danh Cú một mắt.
Aogiri Tree được thành lập từ Quận 13 với mục đích là thu thập tài nguyên, nhân lực cho tổ chức X bí mật, qua đó chọn lọc ra những kẻ tài năng và đào thải những tên cặn bã. Aogiri Tree đại diện cho các Ghoul cấp cao, diệt trừ con người và thiết lập một đế chế Ghoul hùng mạnh, xứng đáng tồn tại trên thế giới. Phương thức hoạt động của tổ chức này rất bí mật, thoắt ẩn thoắt hiện với những hành động tàn nhẫn gây nên các cuộc chiến tranh đẫm máu, thảm khốc nhất trong giới tộc quỷ.
Genei Ryodan là một băng cướp khét tiếng, gieo rắc cái chết và sự sợ hãi tột cùng cho chính quyền trong Hunter x Hunter. Chúng gồm 13 tên đạo tặc với hình xăm con nhện kèm chữ số trên lưng, xuất thân tại Phố Sao Băng – khu ổ chuột bị thế giới quên lãng. Chúng hoạt động tự do, làm những gì mình muốn không có quy tắc hay sự đàn áp; cướp giật, giết người, tàn phá nhưng luôn xả thân bảo vệ quê hương của chính mình.
Lãnh đạo nhóm là Chrollo Lucifer. Mỗi người trong nhóm đều tôn trọng, trung thành với Bang chủ và luôn thản nhiên đón nhận cái chết, hy sinh vì lợi ích chung của nhóm. Mỗi thành viên đều có tính cách, năng lực riêng biệt với quan niệm sống rất "đời". Họ hoạt động tinh vi với những phi vụ cướp bóc chớp nhoáng, những vụ ám sát đẫm máu. Genei Ryodan là những bóng ma vô hình trong một "ổ nhện" khiến thế giới phải run mình khiếp sợ và công nhận sự tồn tại của nhóm.