Với hơn 700 chương truyện, Masashi Kishimoto đã nhào nặn nên một thế giới shinobi (nhẫn giả) vô cùng đồ sộ với những quy luật vật lý, hệ thống cơ chế chakra và phân cấp làng xã chặt chẽ. Chính nền tảng thiết lập đầy ấn tượng ấy vô tình lại làm lộ rõ những điểm yếu, những pha tự vả chan chát khi cốt truyện tự mâu thuẫn với chính nó.

Một số hạt sạn bắt nguồn từ việc lạm phát sức mạnh ở giai đoạn sau, số khác lại phản ánh sự thay đổi tùy hứng của tác giả khi vai trò của một nhân vật vượt ra ngoài kế hoạch ban đầu.

1. Bài toán rớt tốt nghiệp 3 lần của Naruto: Nghịch lý toán học sơ cấp

Ngay từ đầu truyện, Naruto được giới thiệu là đã trượt kỳ thi tốt nghiệp Học viện ninja tới 3 lần. Mà theo thiết lập của thế giới này, kỳ thi tốt nghiệp được tổ chức đều đặn hằng năm. Điều này đồng nghĩa với việc nếu rớt 3 năm liên tiếp, Naruto phải lớn tuổi và tụt lại phía sau các bạn cùng trang lứa rất nhiều khóa.

Thế nhưng thực tế lại tát thẳng vào logic. Shikamaru, Sakura, Sasuke và toàn bộ nhóm Konoha 11 đều tốt nghiệp chung một khóa, cùng một độ tuổi mà không hề có bất kỳ chi tiết nào cho thấy Naruto là "ông chú" học lại. Lịch tốt nghiệp lẫn tiến độ của các học sinh khác vẫn diễn ra bình thường. Kishimoto hoàn toàn ngó lơ mâu thuẫn này.

2. Madara "hack game": Mất cả hai mắt vẫn bật được Susanoo

Một quy tắc bất di bất dịch đã được thiết lập vô cùng nhất quán thông qua Itachi, Sasuke hay Kakashi. Muốn kích hoạt và duy trì Susanoo, nhẫn giả bắt buộc phải sở hữu và kích hoạt đôi mắt Mangekyou Sharingan.

Thế nhưng trong Đại chiến Shinobi lần thứ tư, sau khi bị lấy mất cả hai mắt, "cụ" Madara vẫn thản nhiên bật Susanoo toàn chân thể càn quét chiến trường. Nhiều fan chữa cháy bằng giả thuyết chakra của Madara lúc đó đã đạt đến tầm thần thánh nên không cần mắt. Nhưng rõ ràng, xuyên suốt arc chiến tranh, tác giả vẫn nhấn mạnh sức mạnh nhãn thuật phụ thuộc vào việc có đang mở mắt hay không.

3. Thuật triệu hồi xuyên không gian tiện lợi

Trong trận chiến với Kaguya, Sasuke đã triệu hồi thành công Manda (hoặc các sinh vật triệu hồi khác) ngay từ bên trong dị giới dung nham của Nữ thần thỏ. Điều này hoàn toàn phá vỡ tính tuyệt đối của các rào cản không-thời gian trước đó.

Bộ truyện luôn miêu tả Kamui hay các chiều không gian bỏ túi là những "nhà tù" không thể thoát ra nếu không có nhãn thuật đặc biệt. Nhưng chỉ bằng một khế ước triệu hồi thông thường, Sasuke lại dễ dàng bắc cầu qua các chiều không gian. Nếu cơ chế này dễ dàng như vậy, các nhẫn giả tài năng lẽ ra phải khai thác nó triệt để hơn.

4. Konoha bỏ mặc "vũ khí hạt nhân" Cửu Vĩ tự sinh tự diệt

Xét về mặt chiến lược quân sự, Jinchuriki của Cửu Vĩ là thứ vũ khí tối thượng, nguy hiểm bậc nhất mà làng Lá sở hữu. Thế nhưng, ban lãnh đạo Konoha, đứng đầu là Hokage Đệ Tam Hiruzen Sarutobi lại để mặc đứa trẻ mồ côi của Hokage Đệ Tứ. Naruto tự xoay xở trong một căn hộ tồi tàn, không có bất kỳ sự giám hộ hay bảo vệ nghiêm ngặt nào.

Về mặt an ninh, đây là một lỗ hổng chí mạng khi kẻ địch hoàn toàn có thể bắt cóc Naruto bất cứ lúc nào. Về mặt tâm lý, việc để một đứa trẻ mang sức mạnh hủy diệt lớn lên trong sự cô lập, oán hận và ghẻ lạnh của dân làng chính là công thức hoàn hảo để tạo ra một kẻ phản bội nguy hiểm (như trường hợp của Gaara hay Obito). Sự can thiệp hời hợt của Đệ Tam đến nay vẫn là chủ đề bị fan chỉ trích nhiều nhất.

5. Thân thế của Naruto: Cả thế giới giả vờ "mù"

Minato Namikaze (Hokage Đệ Tứ) là một trong những huyền thoại có gương mặt, mái tóc vàng và phong cách dễ nhận biết nhất thế giới. Naruto lại là một bản sao hoàn hảo của ông. Thêm vào đó, cái họ Uzumaki mang trọng lượng lịch sử rất lớn gắn liền với liên minh của làng Lá.

Mặc dù Hiruzen đã ra lệnh phong tỏa thông tin, nhưng việc các nhẫn giả kỳ cựu từng làm việc với Minato không một ai nhận ra thân thế của Naruto là cực kỳ vô lý. Jiraiya – thầy của Minato – dành nhiều năm dạy dỗ Naruto nhưng coi như không biết gì.

Thậm chí những nhẫn giả làng khác như Killer B, người từng trực tiếp giao phong với "Tia chớp vàng", khi nhìn thấy Naruto với diện mạo y hệt cũng chẳng mảy may mường tượng ra cố nhân.

6. Rock Lee tốt nghiệp học viện dù "liệt" Nhẫn thuật

Học viện Ninja có quy định rất nghiêm ngặt. Học viên bắt buộc học sinh phải thực hiện được các nhẫn thuật cơ bản, đặc biệt là Thuật Phân Thân (Bunshin no Jutsu), mới đủ điều kiện để trở thành một Genin chính thức. Đây là bài thi mà ngay cả Naruto cũng trầy trật mới qua được.

Ấy vậy mà Rock Lee – một cậu bé hoàn toàn không có khả năng sử dụng nhẫn thuật hay ảo thuật – vẫn nghiễm nhiên tốt nghiệp. Dù hành trình vượt khó bằng Thể thuật của Lee mang ý nghĩa biểu tượng rất cao, nhưng việc cậu vượt qua kỳ thi tốt nghiệp mà không đáp ứng tiêu chuẩn tối thiểu đã trực tiếp đạp đổ quy tắc của chính Học viện đặt ra. Nhiều người cho rằng sự can thiệp của Might Guy là lý do, nhưng tác giả chưa bao giờ giải thích kẽ hở này.

7. Obito dùng Kamui tẹt mà không bị mù mắt

Tác dụng phụ tàn khốc nhất của Mangekyou Sharingan chính là việc mất dần thị lực dẫn đến mù lòa nếu lạm dụng. Để giải quyết, các nhẫn giả phải cấy ghép mắt của anh em ruột để nâng cấp lên Eternal Mangekyou Sharingan.

Tuy nhiên, Obito lại là một ngoại lệ đầy vô lý. Hắn sử dụng Kamui với tần suất dày đặc suốt mười mấy năm trời, dịch chuyển bản thân và vật thể liên tục nhưng mắt không hề bị giảm thị lực hay có dấu hiệu mệt mỏi. Mãi về sau, bộ truyện mới đưa ra một "mã gian lận" mang tính vá lỗi. Một nửa cơ thể của Obito được làm từ tế bào của Hashirama, khả năng phục hồi thần thánh của DNA Đệ Nhất đã liên tục chữa lành tổn thương dây thần kinh thị giác của hắn. Dù vậy, cách giải thích mang tính hồi tố này vẫn khiến nhiều người cảm thấy khiên cưỡng.

8. Sasuke cạn sạch chakra vẫn thi triển liên hoàn thuật để thoát chết

Trận chiến giữa Sasuke và Deidara trong Naruto Shippuden khép lại với tình trạng Sasuke kiệt quệ hoàn toàn, chakra cạn sạch đến mức thở không ra hơi và không thể di chuyển. Ngay sau đó, Deidara chơi bài ngửa bằng cách tự kích nổ bản thân để kéo kẻ thù chết chung trong phạm vi vài cây số.

Trong tích tắc ngắn ngủi đó, Sasuke bằng một cách thần kỳ nào đó đã triệu hồi Manda, dùng Ảo thuật điều khiển con rắn khổng lồ, bắt nó nuốt mình vào bụng, giải trừ triệu hồi để trốn vào dị giới. Chuỗi hành động này đòi hỏi một lượng chakra khổng lồ và tốc độ cực nhanh, thứ mà một Sasuke đang "sập nguồn" chắc chắn không thể có.

9. Orochimaru cố gắng triệu hồi một linh hồn đã bị phong ấn

Trong arc "Phá hủy Konoha", Orochimaru đã sử dụng cấm thuật Uế Thổ Chuyển Sinh (Edo Tensei) để gọi lên Hokage Đệ Nhất và Đệ Nhị, đồng thời cố gắng triệu hồi chiếc quan tài thứ ba chứa linh hồn của Đệ Tứ Minato Namikaze.

Vấn đề cốt lõi là Minato trước khi chết đã sử dụng Thi Quỷ Phong Tận, trói buộc và giam cầm vĩnh viễn linh hồn của mình bên trong bụng Thần Chết. Theo quy tắc ban đầu, linh hồn nằm trong bụng Thần Chết là hoàn toàn bất khả xâm phạm đối với Edo Tensei, và một kẻ uyên thâm cấm thuật như Orochimaru bắt buộc phải biết điều đó.

Việc cố triệu hồi Minato lúc bấy giờ hoàn toàn là một lỗi logic nặng nề của Kishimoto trước khi ông tạo ra cách "rạch bụng Thần Chết" ở arc cuối.

10. Cái chết lãng xẹt của Hashirama Senju

Hashirama Senju sở hữu khả năng tự tái tạo tế bào ở mức độ thần thánh, vượt xa mọi nhân vật trong lịch sử truyện tranh. Sức sống của ông mãnh liệt đến mức vài thập kỷ sau khi chết, các thí nghiệm cấy ghép DNA của ông (trên Yamato, Danzo hay các Bạch Zetsu) vẫn tạo ra những năng lực mộc độn siêu phàm. Kabuto từng ca ngợi ông là nhẫn giả mạnh nhất từng sống.

Ấy thế mà, một người có cơ thể "từ chối bị tổn thương", sở hữu lượng chakra vô biên như thế lại qua đời khi còn khá trẻ, trong những năm đầu thành lập Konoha vì một lý do... không ai biết. Bộ truyện chưa bao giờ hé lộ cơ chế nào có thể giết chết được Hashirama (không phải do thọ tử hay bị hạ sát trong chiến trận). Việc thiếu một cơ chế tử vong rõ ràng đối với một "vị thần" như Hashirama đã để lại một lỗ hổng lớn buộc các fan phải tự suy đoán bằng các giả thuyết giả định.