Cách đây ít lâu, cộng đồng Thần Khúc đã phải trải qua một cơn bão tố thực sự khi tựa game này xuất hiện lỗi mất đồ đầy bí ẩn. Cụ thể, khi người chơi mang đồ đến thợ rèn để cường hóa thì chỉ chốc lát thôi món đồ đó sẽ “bay hơi”. Trong khi đó, theo quy định của NPH thì  dù cho cường hóa thất bại thì cũng chỉ làm giảm cấp của vật phẩm chứ không bị mất hẳn phôi (các món đồ cần nâng cấp) như một số tựa cùng thể loại khác.

Sau một thời gian tìm hiểu thì nghi án mất đồ khi tiến hành cường hóa tại thợ rèn đã được xác nhận. NPH cũng nhanh chóng tiến hành khắc phục đồng thời đền bù thỏa đáng với người chơi có liên quan. Lỗi thợ rèn cũng lắng xuống từ thời điểm đó.

Tuy nhiên, gần đây nghi án thợ rèn Thần Khúc “trộm đồ” một lần nữa tái xuất hiện với những dấu hiệu giống hệt như trước đây. Chia sẻ về vấn đề này game thủ LUMXUMPUM nói: "Tôi chơi nhân vật SIGARETTES ở SV Nữ Hoàng, tầm 11 giờ 45 tôi có mua một chiếc nhẫn cấp 20 trong mê cung nhưng khi vào thợ rèn cường hóa xong lại bị mất. Đề nghị mod xem xét giải quyết để đảm bảo quyền lợi của người chơi cũng như uy tín của NPH”.

Mặc dù mới chỉ dừng lại ở mức tin đồn, tuy nhiên nó cũng đã khiến cho cộng đồng cảm thấy vô cùng hoang mang. Một số game thủ đã không dám cường hóa đồ mà ngồi đợi xem thông tin chính thức từ phía ban điều hành game. Rõ ràng đây là việc không hề tốt tẹo nào đối với cả cộng đồng Thần Khúc lẫn NPH game.

Ngoài ra, sau đợt bảo trì ngày 8/5/2013 thì Thần Khúc còn bị than phiền vì dính chỉ số nhân vật “ảo”. Cụ thể, một số game thủ phản ánh rằng nhân vật của họ bị giảm quá nhiều điểm Ma Phòng và Sinh Lực (1900 điểm Ma Phòng và 500 điểm Sinh Lực). Tuy nhiên, thi thoảng chỉ số lại nhảy về đúng như trước nhưng sau đó lại bị tụt. 

Với trường hợp này thì vẫn chưa khẳng định được có phải lỗi game hay không, mong NPH sớm tìm hiểu và có câu trả lời thỏa đáng tới cộng đồng người chơi.