Điểm đặc trưng nhất chính là cơ chế chiến đấu tập trung vào chất "hành động" và góc nhìn từ trên xuống bị khóa cứng - khá giống với tựa game Diablo của Blizzard. Game thủ sẽ phải di chuyển từ tầng dưới lên tầng trên, chiến đấu với các kẻ địch để có thể "lên tầng". Tuy nhiên cuộc chơi sẽ trở nên tự do phóng khoáng hết sức với các nhân vật có khả năng bay nhảy đỉnh cao như Iron Man, Spider Man hay Hunman Torch, họ có thể bỏ qua tất cả những thứ chắn đường là kẻ địch hay các bức tường. Nhìn chung Marvel Heroes sở hữu lối chơi hơi gò bó và phải đi theo con đường nhất định, nhưng không hề nhàm chán bởi có rất nhiều việc bạn phải làm trên con đường tới đích.

Trong thế giới ảo của trò chơi, các nhân vật được phân chia vai trò rất rõ ràng, ví dụ như The Thing sẽ đóng vai trò tanker, xông lên chịu mọi đòn đánh vô tư nhưng chậm chạp và thiếu linh hoạt. Và để có thể dễ dàng vượt qua các thử thách thì game thủ sẽ phải liên kết với nhiều người chơi khác để tạo thành một tổ hợp đầy đủ các thành phần, từ tanker cho tới gây sát thương chính, hồi máu...