Khác với nhiều game online bắn súng khác thì Call of Duty Online sở hữu hệ thống cốt truyện với các nhiệm vụ riêng. Đây có thể xem là một điều khá mới lạ khi game thủ cũng có thể party với các người chơi khác cùng thực hiện các nhiệm vụ này để kiếm phần thưởng. 

Các loại nhiệm vụ này sẽ được cập nhật nhiều hơn ở các phiên bản tiếp theo, hiện tại, hầu như nội dung của chúng chỉ xoay quanh đề tài vượt map, truy lùng đồ vật, tiêu diệt NPC địch... Ngoài ra, trong khi thực hiện nhiệm vụ thì game thủ cũng có thể điều khiển các loại phương tiện như chiến xa, xe tăng...